debian9下VASP的安装 – 想保持低调

操作系统：debian 9
vasp版本：5.4.4
parallel_studio_xe_2018_cluster_edition

本站不提供任何关于vasp的源代码，请自行寻找。

2019-5-9更新，请用”su –“切换到root用户，而不要用”su root” ,默认全是在管理员权限下操作

1.准备

vasp5.4.4源码，官网
Intel®ParallelStudio XE，下载地址

为什么要使用Intel的 Fortran 编译器，而非 gfortran ,主要考虑以下两点

1.inter的 Fortran 编译器对Intel的CPU肯定优化的更好，听说对AMD的是负优化。对于像我们这种弄着玩的也无关紧要，但在科研中就不一样了。

2.gfortran在编译过程会出现大量错误信息。本人深受其害。解决了这一个，下一个问题又出来了。而且REAME中也是以Intel composer suite (Fortan compiler + MKL libraries)进行说明。

Intel的Fortran编译器是收费的，但是有学生版的，请看这里。

在强调一遍，除非你对你自己非常有自信，否则请用ifort（Intel Fortran）。

2.安装并行编译器

你可以用源码进安装openmpi，也可以安装Intel® Parallel Studio XE并行开发套件（会自动安装mpif90，mpirun）。

使用源码安装也并不复杂，但是中间会出现一些小问题，谷歌一下就能找到解决方案，因为安装Intel并行开发套件时会安装mpirun，也为了教程的简洁。就不介绍如何使用源码安装了，因为本人刚开始用 gfortran 编译时，曾用源码安装过openmpi，安装时还是需要一定的能力的（包括如何从互联网上获的有用的信息）。

对于Intel®ParallelStudio XE，可以解压后以gui的方式安装，也就是执行那个 install_GUI.sh 。

3.加载英特尔编译器和编译英特尔FFTW包装器

请将下面的路径改为你自己安装Intel®ParallelStudio XE时的路径。

source /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/bin/compilervars.sh intel64
cd /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mkl/interfaces/fftw3xf/
make libintel64 compiler=gnu

2018-5-18 更新，不建议采用以下划掉的方法，原因见这里

在/etc/profile.d/下面新建一个文件

cd /etc/profile.d/
vim Intel_Path.sh

并加入下面内容

#       begin   2018-5-18       add intel PATH
 export PATH=$PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/intel64:/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mpi/intel64/bin
#       end     2018-5-18       add intel PATH

export PATH=$PATH=/xx1/:/xx2/ 是添加新的路径到PATH里面

保存退出，只有用户有读的权限就行。

在 /etc/ld.so.conf.d/ 下新建一个文件

cd /etc/ld.so.conf.d/
vim intel-share-lib.conf

填写下面内容（根据实际情况填写）

#       begin   2018-5-18       share-lib
/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mkl/lib/intel64_lin/
#       end     2018-5-18       share-lib

让动态链接库为系统所共享，执行

ldconfig

刷新

source /etc/profile.d/Intel_Path.sh

这样应该就行了，我本人安装时是按照划掉的部分安装的，等到重启后执行命令发现有报错，才发现这个问题。不过，这样做从理论上是行的通的。不外乎把相关的命令写入到PATH变量中。

~~编辑profile~~

vim /etc/profile

~~在PATH中加入~~

/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/intel64 和 /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mpi/intel64/bin ,~~请改为你自己对应的路径。最终，PATH路径应该类似这样~~

if [ "`id -u`" -eq 0 ]; then
   PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/intel64:/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mpi/intel64/bin"
else
   PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games:/opt/altera/17.1/modelsim_ase/bin:/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/intel64:/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mpi/intel64/bin"
fi
export PATH

~~在后面添加如下内容，并将相应路径改为你自己的~~

# begin 2018-5-17 add fortran_LD_LIBRARY_PATH
if [ -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mkl/lib/intel64_lin"
else
LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mkl/lib/intel64_lin:$LD_LIBRARY_PATH"
fi
export LD_LIBRARY_PATH
#end 2018-5-17 add fortran_LD_LIBRARY_PATH

刷新

source /etc/profile

4.编译VASP

将VASP源码解压到/usr/local/src/，并进入到解压后的目录。

tar -zxvf vasp.5.4.4.tar.gz -C /usr/local/src/
cd /usr/local/src/vasp.5.4.4/
cp /opt/intel/mkl/include/fftw/fftw3.f .

然后

cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include

这里说明一下，官方的REDME中说的是复制最适合你系统的那个文件，但是复制makefile.include.linux_gnu后面会遇到大量问题，~~因此并不推荐~~（视具体情况判断）。

用8核来进行编译

make veryclean
make -j8 all

参数 all 是安装所有的版本（std版，gamma版，non-collinear版），对于它们的区别，由于不是专业的，并不知道它们的差异，你也可以使用

make std 之只安装std版， make gam 安装gamma版和 make ncl 安装non-collinear版

如果不出意外的话，vasp到此就算是安装完成了。

为了方便使用vasp这个命令，我们可以把它添加到PATH中，编辑/etc/profile,在PATH中加入vasp的路径（在/usr/local/src/vasp.5.4.4/build/下的三个文件中都有vasp这个命令），可以将不同文件夹下的vasp改为不同的名字以便区分。

5.测试

vasp源代码由四个文件组成，什么意思呢，就是说在一个文件夹中，必须有INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR这四个文件，可以从官网下载，点击哪些Example Files就是，下载完后，解压，进入到解压后的文件夹，直到有上面这四个文件，执行

/usr/local/src/vasp.5.4.4/build/std/vasp > out &

“ > out ”为输出为out文件，也就是最后数据保存的地方，& 表示在后台执行，你也可以不加去掉” > out &”，查看vasp是否安装成功，这个对于懂Linux的都不陌生。

更多用法，这里有一些可供参考的命令，可以自己上网搜索一下，包括如何使用并行计算，如何优化等。更多vasp的教程，可以参考这里。

查看重启后命令执行是否正常。

6.总结

虽然这篇教程写出来看着很简单，但是却是花费了我大量的时间，一步一步尝试，遇到错误，看看出错日志，简单的就自己解决，复杂一点的就上网查资料，而且不一定能查到，因为你很难想象会在哪一步出错，网上的解决方案也不一定适合你，因为你不能保证和它的环境一模一样。就算你跟着这个教程一步一步做，也并不能保证就一定会成功。

如果在这个过程中遇到了其它问题，欢迎在评论区留言，或者Google一下，也欢迎把具体的解决方法留在评论区，以供后来者参考

欢迎转载，不需注明出处，就说是你写的

参考：